Naybet jogou 115 vezes pela Seleção Marroquina de Futebol. Em Agosto de 1999, o lateral concordou em assinar pelo Manchester United mas acabou sendo reprovado nos testes médicos, e o francês Mikaël Silvestre foi contratado no seu lugar. Acabou por assinar com outro clube inglês, o Tottenham Hotspur, no dia 13 de agosto, fazendo a sua estreia na Liga Inglesa 24 horas depois.

Apesar da sua presença regular no Tottenham na temporada 2004-2005, ficou freqüentemente no banco com o novo treinador Martin Jol, jogando apenas na temporada 2005-2006 contra o Charlton Athletic. A sua vasta experiência e visão de jogo trouxeram excelentes resultados ao lado dos seus companheiros de defesa Ledley King e Michael Dawson.

Antes, Naybet fez boa carreira na Espanha, mais precisamente no La Coruña, ganhando 1 Liga, 1 Copa do Rei e 2 Super Taças.

Em janeiro de 2006, Naybet participou da Taça Africana das Nações. Manteve-se popular e respeitado na sua seleção e clube. Foi seu último torneio internacional com a camisa dos Leões do Atlas, onde atuava desde 1990 - o Marrocos não se classificou para a Copa do Mundo FIFA de 2006. Naybet já havia jogado as duas Copas anteriores, sem muito êxito.

Saiu do Tottenham Hotspur a 26 de maio de 2006, pondo um fim em sua carreira. Em Agosto de 2007, tornou-se assistente de Henri Michel. Quando o francês deixou o comando técnico da equipe, o ex-lateral também saiu.